Aminokyseliny

Z Multimediaexpo.cz

Verze z 27. 7. 2015, 12:06

Biogenní aminokyseliny
Glycin (Gly, G)
Alanin (Ala, A)
Valin (Val, V)
Leucin (Leu, L)
Isoleucin (Ile, I)
Serin (Ser, S)
Threonin (Thr, T)
Tyrosin (Tyr, Y)
Methionin (Met, M)
Cystein (Cys, C)
Lysin (Lys, K)
Kyselina asparagová (Asp, D)
Asparagin (Asn, N)
Kyselina glutamová (Glu, E)
Glutamin (Gln, Q)
Arginin (Arg, R)
Histidin (His, H)
Fenylalanin (Phe, F)
Tryptofan (Trp, W)
Prolin (Pro, P)

Aminokyselina je v chemii obecně jakákoliv molekula obsahující karboxylovou (-COOH) a aminovou (-NH₂) funkční skupinu. V biochemii se většinou tímto termínem rozumějí pouze alfa-aminokyseliny, tj. takové, ve kterých jsou obě skupiny navázány na stejném uhlíkovém atomu. V ještě užším smyslu (například v molekulární biologii) se tímto pojmem většinou rozumí biogenní alfa-L-aminokyseliny – 20 základních stavebních složek všech proteinů (bílkovin).

Biogenní aminokyseliny

Až na nepatrné výjimky jsou všechny proteiny ve všech živých organismech sestaveny z pouhých 20 druhů aminokyselin. Ty se obvykle označují jako biogenní aminokyseliny nebo proteinogenní aminokyseliny. Posloupnost (sekvence) těchto aminokyselin určuje primární strukturu proteinu. Funkce proteinu závisí především na jeho terciární případně kvartérní struktuře, která je kromě sekvence aminokyselin dána mnoha dalšími faktory, např. okolním prostředím. Sekvence aminokyselin v proteinech je kódována (určena) deoxyribonukleovou kyselinou – DNA. Každá aminokyselina je v genetickém kódu kódována tripletem bazí a na pořadí těchto tripletů v DNA pak závisí pořadí aminokyselin v proteinu. Z cytoplazmy jsou dopravovány k ribozomu aminokyseliny navázané na tRNA, a to pomocí enzymů aminoacyl-tRNA syntetáz.

Vlastnosti aminokyselin

Reaktivita

Nositelem reakcí je karboxylová a aminová skupina. Aminokyseliny mohou tvořit soli, díky karboxylové skupině probíhá esterifikace, aminová skupina umožňuje acetylaci. Odstranění karboxylové skupiny se nazývá dekarboxylace, odstranění aminové skupiny pak deaminace. Důležitou reakcí během metabolismu aminokyselin je transaminace. Jde o přesun aminové skupiny z jedné molekuly na druhou, při němž z jedné aminokyseliny (např. alaninu) vzniká jiná (v tomto případě kyselina asparagová).

Peptidová vazba

Vznik peptidové vazby je reakce, při které reagují alfa-karboxylová skupina jedné aminokyseliny s alfa-aminovou skupinou druhé za odštěpení molekuly vody. Toto řetězení aminokyselin je principem spojování v peptidy a dále v proteiny (bílkoviny). Je to nejdůležitější reakce aminokyselin. K jejímu uskutečnění je třeba dodat energii.

Rozpustnost

Aminokyseliny se snadno rozpouštějí v polárních rozpouštědlech (voda, ethanol), v nepolárních rozpouštědlech jsou nerozpustné.

Náboj

Každá aminokyselina obsahuje aspoň dvě kyselé skupiny, které jsou schopné disociace: -COOH a -NH₃⁺ a tvoří konjugované zásady -COO^- a -NH₂. V roztoku jsou kyselina i její konjugovaná zásada v protonové rovnováze:

R-COOH ↔ R-COO⁻ + H⁺

R-NH₃⁺ ↔ R-NH₂ + H⁺

Jak se ustaví rovnováha, záleží na pH prostředí, tedy na koncentraci protonů v okolí. Karboxylová skupina je silnější kyselina a proton snadněji odštěpuje než přijímá. Při nízkém pH, kdy je koncentrace vodíkových iontů v roztoku vysoká, obě dvě skupiny váží proton. Při stoupajícím pH se nejprve uvolní proton vázaný v karboxylové skupině, protože ta má menší disociační konstantu: při pH krve (7,4) nebo cytoplasmy (7,1) existuje karboxylová skupina pouze jako karboxylátový iont R-COO⁻, zatímco aminoskupina je protonovaná kyselina R-NH₃⁺. Vzniká tak amfiont, obojetný iont, který nese kladný i záporný náboj. Teprve je-li pH vysoké, uvolní se proton i z aminoskupiny a obě dvě funkční skupiny se nachází ve stavu konjugované zásady.

Izoelektrický bod

Izoelektrický bod je taková hodnota pH, při které má daná aminokyselina nulový volný elektrický náboj - nachází se ve formě amfiontu, který se nepohybuje v elektrickém poli. Izoelektrické pH u aminokyselin, které mají dvě disociovatelné skupiny, leží uprostřed hodnot pK na obou stranách izoiontového uspořádání:

<math>\ pI = \frac{pK_1 + pK_2}{2} </math>

Situace je složitější u aminokyselin, které kromě alfa-karboxylové a alfa-aminové skupiny obsahují i jiné funkční skupiny, například kyselina asparagová, lysin nebo tyrosin.

Peptidová vazba a reakce aminokyselin

Vznik peptidové vazby je reakce, při které reagují alfa-karboxylová skupina jedné aminokyseliny s alfa-aminovou skupinou druhé za odštěpení molekuly vody. Toto řetězení aminokyselin je principem spojování v peptidy a dále v proteiny (bílkoviny). Je to nejdůležitější reakce aminokyselin. K jejímu uskutečnění je třeba dodat energii.

Aminokyseliny mohou podstupovat stejné reakce jako kyseliny organické, ovšem v těle se nejčastěji účastní biosyntéz - ať už proteinů, glukosy či dusíkatých bází. Specifické reakce týkající se pouze aminokyselin jsou transaminace a deaminace (viz metabolismus).

Aminokyseliny se prokazují reakcí s ninhydrinem nebo fluorescaminem. Ninhydrin dekarboxyluje aminokyseliny na oxid uhličitý, amoniak a aldehyd, redukovaný ninhydrin pak reaguje se vzniklým amoniakem za vzniku modrého komplexu. Tato reakce je základem kvantitativního stanovení aminokyselin. Fluorescamin je citlivější činidlo, které umožňuje odhalit i nanogramová množství aminokyselin.

Proteinogenní aminokyseliny

Až na nepatrné výjimky jsou všechny proteiny ve všech živých organismech sestaveny z pouhých 19 druhů aminokyselin a jedné iminokyseliny, prolinu. Ty se obvykle označují jako biogenní nebo také proteinogenní aminokyseliny. Dále ještě existují 21. a 22. aminokyselina (selenocystein a pyrolysin), které se ovšem vyskytují vzácně a 23. aminokyselina N-formylmethionin využívaná bakteriemi místo methioninu pro iniciaci translace.

Posloupnost (sekvence) těchto aminokyselin určuje primární strukturu proteinu. Sekundární struktura proteinu je také do velké míry závislá na přítomnosti jistých aminokyselin - cystein pro tvorbu disulfidických můstků, prolin pro větší rigiditu či nutnost zhruba 33% zastoupení glycinu v kolagenu pro správné svinutí kolagenní fibrily.

Sekvence aminokyselin v proteinech je kódována v deoxyribonukleové kyselině – DNA. Každá aminokyselina je v genetickém kódu kódována jedním či více triplety bází a na pořadí těchto tripletů v DNA pak závisí pořadí aminokyselin v proteinu. Z cytoplazmy jsou dopravovány k ribozomu aminokyseliny navázané na tRNA, a to pomocí enzymů aminoacyl-tRNA syntetáz, přičemž každá z aminokyselin má vlastní specifickou tRNA a specifickou syntetasu. Kombinací těchto 20 (ve skutečnosti 23) proteinogenních aminokyselin jsou tvořeny všechny známé bílkoviny.

Jiné typy aminokyselin mohou být do biopolymerů připojeny jinými mechanismy, například při syntéze bakteriální buněčné stěny^[1] nebo některých antibiotik (například gramicidinu). Proteinogenní aminokyseliny mohou být po připojení do proteinů posttranslačně modifikovány, takže proteiny často obsahují aminokyseliny chemicky odlišné od základních, které jsou zapojeny během syntézy.

Seznam proteinogenních aminokyselin (vyskytují se v proteinech)

Aminokyseliny s alifatickým postranním řetězcem

• Glycin Gly (G)
• Alanin Ala (A)
• Valin Val (V)
• Leucin Leu (L)
• Isoleucin Ile (I)

S karboxylovou nebo amidovou skupinou na postranním řetězci (kyselé skupiny)

• Kyselina asparagová Asp (D)
• Asparagin Asn (N)
• Kyselina glutamová Glu (E)
• Glutamin Gln (Q)

S aminovou skupinou na postranním řetězci (basické skupiny)

• Arginin Arg (R)
• Lysin Lys (K)

S aromatickým jádrem nebo hydroxylovou skupinou na postranním řetězci

• Histidin His (H)
• Fenylalanin Phe (F)
• Serin Ser (S)
• Threonin Thr (T)
• Tyrozin Tyr (Y)
• Tryptofan Trp (W)

Se sírou v postranním řetězci

• Methionin Met (M)
• Cystein Cys (C)

Aminokyseliny obsahující sekundární amin (nepřesně iminokyseliny)

• Prolin Pro (P)

21. aminokyselina

• Selenocystein SeCys – nahrazuje cystein v lidském enzymu glutathionperoxidáze a v enzymech některých bakterií^[2]

22. aminokyselina

• Pyrolysin Pyl - vyskytuje se zejména u prokaryot.

23. aminokyselina

• N-formylmethionin f-Met - hraje roli při iniciaci translace u bakterií a na plastidových a mitochondriálních ribozomech, je tedy první aminokyselinou zařazenou při tvorbě proteinu. Často bývá posttranslačně odstraněna.

Aminokyseliny v živých organismech

Aminokyseliny jsou součástí proteinů a peptidů, tedy strukturních bílkovin, enzymů i mnoha hormonů. To ale není jejich jediná funkce, jsou potřeba jako dárci uhlíkových řetězců k syntéze porfyrinů, purinů nebo pyrimidinů, přímo se účastní syntézy močoviny. Jejich deriváty, biogenní aminy, slouží kromě jiného jako neurotransmitery při nervovém přenosu (dopamin, noradrenalin aj.) nebo jako látky, které ovlivňují růst buněk (spermin, spermidin). Rozkladem některých aminokyselin v odumřelých tělech organismů vznikají tzv. mrtvolné jedy - páchnoucí látky putrescin a kadaverin.

Vstřebávání a metabolismus aminokyselin

Jedno z dělení aminokyseliny dělí na esenciální a nonesenciální (někdy neesenciální) v závislosti na schopnosti těla danou aminokyselinu syntetizovat. Existuje osm esenciálních aminokyselin, ovšem některé z nonesenciálních (arginin a histidin) jsou esenciálními pro rostoucí organismus, jiné (např. cystein) vznikají z aminokyselin esenciálních. Proto je nutné aminokyseliny (potažmo proteiny) přijímat potravou. Udává se, že denní bílkovinné minimum je okolo 80 gramů.

Proteiny jsou v GIT štěpeny jednak volnými enzymy (pepsin, trypsin aj.), ale také enzymy vázanými přímo na membránu enterocytů. Jednotlivé aminokyseliny jsou potom resorbovány do krve a mohou být použity buď pro různé biosyntézy, nebo vstupují do katabolismu.

Podle konečných metabolitů můžeme aminokyseliny rozdělit na glukogenní (tedy takové, jejichž metabolity mohou být použity pro syntézu glukózy) a ketogenní (tedy takové, z jejichž metabolitů vznikají ketolátky). Toto dělení je poněkud narušeno faktem, že isoleucin, lysin, fenylalanin, tryptofan a tyrosin jsou jak glukogenní, tak ketogenní. Katabolismus uhlíkového řetězce aminokyseliny je komplexní proces, jehož úplný popis je nad rámec tohoto článku, takže zde bude pouze nárys: celý proces začíná odstraněním α-aminodusíku (obvykle transaminací), načež je částečně oxidovaný řetězec degradován na amfibolické intermediáty (acetyl-CoA, citrát, α-ketoglutarát, sukcinyl-CoA, fumarát, oxalacetát, acetacetyl-CoA). Aminokyseliny je možné také dělit podle toho, na jaký intermediát je degradována (dělení je opět narušeno např. isoleucinem, který se může degradovat jak na Acetyl-CoA tak na sukcinyl-CoA). Tyto intermediáty mohou být buďto zpracovány citrátovým cyklem, nebo použity v anabolismu.

Dusík, který byl z aminokyseliny odstraněn, musí být využit - nebo vyloučen, protože běžný dospělý organismus udržuje vyváženou dusíkovou bilanci (přijímá a vylučuje stejně dusíku - který je zejména v aminokyselinách).

Prvním krokem je transaminace: α-aminoskupina se přenese pomocí specifické transaminasy na α-ketokyselinu (obvykle α-ketoglutarát), čímž vznikne odpovídající α-ketokyselina a L-glutamát (kyselina glutamová, jedna z nonesenciálních aminokyselin). Je-li třeba zbavovat se dusíku, L-glutamát se cestou oxidativní deaminace mění zpět na α-ketoglutarát za vzniku amoniaku. Vzniklý amoniak je nutno vyloučit z těla, neboť se jedná o látku toxickou. Podle způsobu vylučování dusíku se organismy dělí na amonotelní (vylučují přímo amoniak - například ryby), urikotelní (vylučují kyselinu močovou - například ptáci) a ureotelní (vylučují močovinu - většina suchozemských živočichů, včetně člověka). Močovina vzniká v ureosyntetickém cyklu, kde mj. vzniká aminokyselina arginin a figurují zde dvě další aminokyseliny, které ovšem nejsou proteogenní - ornithin a citrulin. Ureosyntetický cyklus probíhá pouze v játrech, v jiných tkáních probíhají alternativní metody detoxikace amoniaku (syntéza glutaminu z glutamátu, glukosový-alaninový cyklus).

Poruchy metabolismu aminokyselin jsou příčinou některých vrozených chorob, jako je fenylketonurie, tyrosinóza nebo nemoc javorového sirupu. Defekt v ureosyntetickém cyklu může vést k smrtelným onemocněním jako hyperamonémie či argininsukcináturie nebo i jiným, méně závažným chorobám.

Literatura

• MURRAY, Robert K. a kolektiv - Harperova Biochemie, ISBN 80-7319-013-3
• GANNONG, William F. - Přehled lékařské fyziologie, ISBN 80-7262-311-7

Související články

• Posttranslační modifikace

Reference

1. ↑ HEIJENOORT, J. v.. Formation of the glycan chains in the synthesis of bacterial peptidoglycan. Glycobiology, 2001-03-01, roč. 11, čís. 3, s. 25R–36R. DOI:10.1093/glycob/11.3.25R.  
2. ↑ KODÍČEK, M. selenocystein. From Biochemické pojmy : výkladový slovník [online]. Praha: VŠCHT Praha, 2007 [cit. 2008-10-21]. Dostupné z http://vydavatelstvi.vscht.cz/knihy/uid_es-002/ebook.html?p=selenocystein

Externí odkazy